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La Dirección de Gestión de la Calidad Ambiental está constituida por una Dirección y tres unidades administrativas. Dos de estas unidades comprenden los procesos sustantivos de la DIGECA, mientras que la otra brinda apoyo interno en las áreas legal, administrativa y de comunicación y coordinación.

Unidad de Investigación y Desarrollo

Considera uno de los procesos medulares de la DIGECA, ya que se trata de la unidad que plantea la elaboración de instrumentos o herramientas para la mejora del desempeño ambiental en el país. Como herramientas contempla: reglamentos técnicos, políticas, programas, protocolos, procedimientos, normas técnicas, acuerdos voluntarios y reconocimientos ambientales; además de otros que puedan surgir como parte de su desempeño.

Unidad de Permisos, Monitoreo y Control

Es la unidad responsable de instituir una plataforma de servicios para atender diversos trámites en materia de calidad ambiental; implementar las herramientas formuladas por parte de la Unidad de Investigación y Desarrollo; establecer redes de monitoreo que permitan evaluar los resultados e impactos alcanzados con la implementación de las herramientas; efectuar valoraciones de daños ambientales; dar seguimiento a permisos/autorizaciones otorgados; y responder a acciones de peritaje solicitadas por otras instancias, por ejemplo, el Tribunal Ambiental Administrativo.

Unidad de apoyo

La Unidad de apoyo está conformada por tres sub-procesos en las siguientes áreas temáticas: legal, administración y comunicación y coordinación. Esta última se encarga de la recopilación y sistematización de la información relevante que se genera en la DIGECA, con el fin de hacerla accesible a la ciudadanía por los medios idóneos. En cuanto al proceso de coordinación, realiza el diseño e implementación de una estrategia de coordinación con diversos actores, orientada a promover y crear espacios de concertación en torno al tema de calidad ambiental.